درس آموزشی

نمونه: شناخت فایل FASTQ در داده‌های NGS

یاد بگیرید چهار خط هر رکورد FASTQ به چه معناست و کیفیت بازها را چگونه بخوانید.

رایگان 15 دقیقه NGSمقدماتیدانشجویان

هدف درس

در پایان این درس می‌توانید بخش‌های یک رکورد FASTQ را بشناسید و تفاوت توالی با کیفیت را توضیح دهید.

ساختار رکورد FASTQ

@read_001
ACGTACGT
+
IIIIIIII

خط اول شناسه خوانش، خط دوم توالی، خط سوم جداکننده و خط چهارم کاراکترهای کیفیت است. برای FASTQهای رایج با Phred+33، کاراکتر I به امتیاز کیفیت ۴۰ اشاره می‌کند.

تمرین کوتاه

تعداد بازهای این خوانش را مشخص کنید و بررسی کنید آیا تعداد کاراکترهای کیفیت با طول توالی برابر است.

گام بعدی: ویدئوی نمونه کنترل کیفیت و سپس پروژه تمرینی را ببینید.

فهرست جلسات و پلی‌لیست دوره

  1. بخش اول: مفاهیم و آموزش

  2. 1نمونه: شناخت فایل FASTQ در داده‌های NGSدرس آموزشی · 15 دقیقهرایگان
  3. 2نمونه: ویدئوی آموزشی کنترل کیفیت داده با FastQCویدئوی آموزشی · 20 دقیقهرایگان
  4. بخش دوم: تمرین و ارزیابی

  5. 3نمونه: پروژه تمرینی کنترل کیفیت FASTQ با پاسختمرین و پروژه · 30 دقیقهرایگان
  6. 4نمونه: آزمون کوتاه مفاهیم FASTQ و NGSآزمون و پرسش · 10 دقیقهرایگان
واتس‌اپتماس با مادریافت مشاوره تخصصی